Et akvarie kan betragtes som et lille lukket biologisk system og ideelt set burde et biologisk system kunne hvile i sig selv. Dette er imdidlertid sjældent tilfældet, når der er tale om et akvarie, idet systemet er for lille til at kunne nedbryde fiskenes affaldsstoffer effektiv. I naturen vil mange affaldsstoffer blive ført væk via en bæk eller lignende, men i akvariet har man ikke denne mulighed. Istedet benytter man sig af filtrering, der kan afhjælpe problemet til en vis grænse (se også om filter til akvarie).
Der vil dog, næsten uanset filterstørrelse, ophobe sig en mængde affaldsstoffer, i form af afføring, foderrester, døde plantedele etc., der ikke kan filtreres væk effektivt. Istedet synker disse affaldsstoffer ned i bundlaget, hvor det påbegynder en forrådnelsesproces. Affaldsstofferne nebrydes til ammoniumforbindelser og ammoniak, der er særdeles giftigt for fiskene, hvis de når en vis koncentration.
Disse giftstoffer nebrydes imidlertid af en bakterieflora der vokser i iltrige miljøer (især i filtermateriale, men til en vis grad også i bundlaget). Ammonium og ammoniak omdannes til det mindre giftige nitrit, der igen omdannes til nitrat. Et nitratniveau under 1 mg/liter akvarievand er at foretrække i akvariet, da der eller vil være så store mængder ammoniak og ammonium i akvariet, at fiskene vil kunne tage skade.
Når nu de gavnlige bakterier formerer sig livligt i filtermaterialer, kunne man fristes til at tro, at det var nok med et effektivt filter. Det kan det også være, men et sådan filter vil være grotesk overdimensioneret i forhold til akvariestørrelsen, og det vil istedet være lettere (og billigere) at udskifte en andel af vandet med jævne mellemrum. I Søhesten anbefaler vi derfor, at du skifter 1/3 af vandet hver 3. uge, når der er tale om et almindeligt selskabsakvarie, eller ciklideakvarie. Herved "fjerner" man en del af de giftige forbindelser i vandet, og tilfører noget nyt, rent vand. Visse ciklidespecialister ønsker dog en grøn algebelægning på stenene, idet fiskene ofte "græsser" heraf. Dette kan til dels opnås ved at foretage et lidt sjældnere vandskift, kombineret med rigelige mængder lys. I så tilfælde er det selvsagt nødvendigt at overdimensionere filteret i forhold til akvariestørrelsen.
Er der tale om et discus-akvarier, hvor man ønsker en hurtigt vækst på fiskene, opnår man også en meget hurtigt forurening af vandet. Især fordi der ofte fodres 3-5 gange dagligt, med oksehjerte, røde myggelarver eller lignende. I så tilfælde kan det være nødvendigt at skifte en tredjedel af vandet 1-2 gange ugentligt, samtidig med at man overdimensionerer filterstørrelsen. Når fiskene er blevet voksne, kan fodringsintensiteten nedsættes til 1-2 gange dagligt, og vandskiftene reduceres til en tredjedel 1-2 gange hver fjortene dag.
Hvad angår guldfisk bowlen, bør man tage sig nogle lidt andre forholdsregler. Ofte hører man, at et vandskift svarende til en kop om dagen er nok. I Søhesten anbefaler vi dog et lidt større vandskift, svarende til halvdelen af vandet hver uge. Da de er tale om et meget lille akvarie, uden filter, er et vandskift den eneste måde at komme af med affaldsstofferne på, og vandskiftene bør derfor være større og hyppigere.
Når nu der skal foretages et vandskift med jævne mellemrum, skal man være opmærksom på, at man fjerner det "fiskevenlige" vand, og erstatter med rent, tempereret vandværksvand.
Ofte er vandværksvandet tilsat en, for os, uskadelig mængde klor, der for fiskene kan være direkte livsstruende. Derfor er det altid en god ide, at tilføre vandet en portion Aqua-Safe eller Aqua-Clean, hver gang der foretages vandskift. Herved indkapsles tungmetaller som klor, og gør vandet uskadeligt for fisk.
Da man samtidig fjerner en del af de næringsstoffer planterne lever af, når man foretager et vandskift, er det en god ide at gøde med Master-Grow, direkte i vandet, ved hvert vandskift.